剥好的菠萝蜜常温下建议存放时间不超过三天。由于剥好的菠萝蜜没有果皮的保护，而果肉中又含高糖，因此果肉容易被细菌侵袭，假如存放在室外，很容易导致腐烂变质，所以不建议剥开的果肉长久保存，而是通过冰箱的制冷效果来抑制其中的细菌繁殖，延长菠萝蜜的保鲜期。
切开之后的菠萝蜜想要保存，可以使用干净的保鲜膜将其包好，放在常温的环境下保存就好，只要可以避免水分流失太快就行。如果说都是剥好之后的菠萝蜜，可以用保鲜膜包好，放进冰箱中即可。
如果是要放在冰箱里，要注意时间不要太长，不然口感就会大大降低。还要将它和其它食物分开放置，不然很有可能会串味。如果在食用的时候有异味，或者是有腐烂的部位，就要扔掉不要食用了。
一般情况下，若是菠萝蜜的果肉没有剥出的话，可以放在常温处保存一两天左右的时间，最多可以保存3天。如果是已经剥出果肉的菠萝蜜，冷藏保存的时间可以长一些，大概能存放一周的时间。菠萝蜜新鲜的时候食用最好，如果担心吃不完的话，建议少买一些。